筹建期内，氢能基地采用筹建领导小组、筹建工作组两级架构。

由佛山市政府领导牵头成立氢能基地筹建领导小组，负责氢能基地建设中的指导、重大事项的决策及资源的提供和协调。筹建领导小组设组长1名，副组长3名。筹建领导小组下设办公室，负责具体承担氢能基地筹建中的有关日常协调工作。办公室设主任1名，副主任2名。氢能基地筹建工作组，由氢能基地依托单位组建，负责氢能基地的筹建工作和运营管理。筹建工作组根据工作需要设置内部办事机构。筹建工作组设主任1名。氢能基地聘请氢能及相关行业有声望的专家、学者组成专家委员会，对氢能基地筹建过程中的重大事项提供意见和建议。